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ひでひでた
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IndentationError
なんか昨日今日と涼しいですね。クーラー要らず。うちの研究室は室内温度を28℃に保っているので外より暑いです。

さて、相変わらず Python 使ってプログラムしてるんですが、なかなか原因が分からないエラーが生じて時間を食われたので、もしかしたら需要があるかと思うのでここにメモしておきます。インデントするときに tab キー使う人は多いでしょうが、エディタの設定によっては tab キーによって入力される空白がスペースと同等ではない場合があるので要注意です。Python は tab とスペースを別物だと認識します。

例えば vi の場合なら、.vimrc ファイルで
set expandtab
としておかないと tab キーがスペースに置換されません。今日はこのせいで文法的に正しいと思われるコードに IndentationError が出たり、逆に明らかに正しくないコードがなぜか動いた上に期待した結果をはき出したりしてました。

こういうどうでもいいところでのエラーはほんと勘弁してほしいわ。
ひでひでた
シミュレーションなど   0 0

期待はずれ
マーゴン氏来日につき、強風が吹き付ける一日でした。ちょっと楽しみにしていたような天気にはならなかった。
 今日は2から4限が授業でした。2限はY田T雄氏の出張授業。まあさすがに分子モーターや chemotaxis などの知っている話が多かったですが、ランジュバン方程式に従うような(ちょっと曖昧にしか覚えてないですが)アクチュエータ制御がされているロボットの運動はそれなりに自然に見えたのが面白かったです。石黒さんとのコラボらしい。それで、人間がものを認識するときの脳の状態も揺らいでいるとの話でした。
 彼の使う「ゆらぎ」という言葉が非常に広い意味を持ちすぎているように聞こえて不可解でした。例えば分子モーターの運動に関与する揺らぎは熱揺らぎと化学反応に伴う量子揺らぎであったり、cheomtaxis の場合はシグナル伝達物質の分子数が揺らぐということでどちらも明確に定量化可能なのに対し、一気にスケールを上げて脳とか生体レベルまでいくと何の揺らぎを考えているのかよくわかりません。
 生物を真面目に考えようとするなら様々なスケールにおけるゆらぎの関連を調べることは重要だと思うし、一分子から脳までの各スケールでの実験に関してトップランナーとして君臨し続けてきたのだから何か掴んでいるんだろうと期待して質問をしてみたのですが、残念ながらストレートな解答は得られませんでした。「京大生とか東大生は試験が得意だけど創造性が無くて、そこらへん阪大はちょうどいい」と、いかにもステレオタイプな事を言われたので若干が腹が立った上、先ほどの解答が解答だったし、はっきり言って講義も全体的にいまいちだったので微妙な印象しか残りませんでした。
 それでも、やっぱ自分の興味のあることはあの関連だよな、と再確認させられもしたので全くの無駄という訳ではありませんでした。シミュレーションでどう攻められるかな。
ひでひでた
日常生活   0 0

殻にこもる生活
今日は雨降りでした。これkらでかい台風がやってくる。
 昼過ぎから始まったゼミは午後7時くらいに終わりました。計算がどうのこうのというよりも、結局それをすることによって何が分かるのか、何が嬉しいのかを気にしつつ参加しています(ロジックは確実に追う)。この間までは2ヶ月間連続で発表担当だったのですが、それもようやく終わったので割と気楽な身分でいられます。
 PDB に登録されている NMR による構造解析のデータを読み取って、複数あるモデル間の RMSd を計算するプログラムを Python で書きました。これが初めての自作スクリプトです。Python でファイル処理するのは本当に楽。動的に型付けしているのが致命的に効いていると思います(とはいえクラスが持ってるデータが常に公開状態なのは不安。name mangling は面倒でここぞという使いどころがよく分からない)。今のところデータの出力形式に不満があるので、適当なモジュールを試しているところです。CSV モジュールをもっと知る必要がありそう。
 で、今後 Python だけで戦っていける気はしないので C++ も勉強しているのですが、もうコンパイルが面倒で面倒で嫌になります。ここ最近は iPython+vi で Pyhton シェルにひきこもる生活を送っているのが明らかな原因(笑)
 ここまでを振り返ってみると、まず C をやってプログラムの基本的なとこを知った後に Python に触れ、スクリプト言語の使いやすさと OOP を学びました。このタイミングで C++ をやるのは結構リーズナブルなんじゃないでしょうか。データの秘匿とかをちゃんとやってみたいし。C++ で書いたコードは Python で使えるので絶対無駄にはならないし。
 まあ先人たちが残したライブラリがあるだろ、という話もあるけど、やっぱ自分で作ってみないと面白くないよね。
ひでひでた
日常生活   0 0

体調不良……
一日中寝ていたせいでこんな時間になっても寝れず。仕方なくブログの更新画面に向かっている。
 先週のあるタイミングで喉が痛みだし、次第に鼻の調子が悪くなってティッシュを使っているうちにフラフラし出して、結局金曜から月曜まで休みを取ることにしてしまった。まあ本来3連休だからオフィシャルには問題ないんだけど、研究ってそういうもんじゃないし、最近は進度がぐっと落ちていたこともあって精神的には全く休まらずにいる。クーラーにやられたんでしょうね。
 こちら京都は祇園祭の最中なので少しは見に行こうかとも思っていたんだけどね、そうもいかなくなってしまった。あー、自分、何してんだろ、って思いつつ過ごしています。

 そろそろこのブログも引っ越そうかなぁ、なんて考えてます。段落の見出しを分かりやすくしたり、ひょっとしたらコードを載せたり、そういうのは FC2 ではやりにくい。はてなダイアリーは向いていそうだったので、近々移転するかもしれません。
 いろいろよくわからない。
ひでひでた
日常生活   0 0

クラス
ただいま帰宅しました。今日は遅くなってしまったなぁ。本当はもっと仕事を進めてプログラムを完成させたかったところでしたが、ここ数日風邪っぽくて咳が出たりするので諦めました。ちょっと出勤するのが遅すぎた。ちなみに今の BGM は Alicia Keys です。最近プッシュされてのんかな。
 今日は副指導教官である M 先生と軽く面談。彼は率直に思ったことを投げてくる人でした。どれも素直で、かつ重要なコメントや質問ばかりだったので好感持てました。数年後には彼らの前で Ph.D ディフェンスしなきゃいけないことを考えるとちょっと気が重いけどね……。今後も都合が合えば相談に乗ってくださるようです。
 Python のクラスについて勉強し始めました。あれはめっちゃ面白い。動的型付けやディクショナリという基本的な仕組みが自然とクラスの継承や演算子のオーバーロードにつながっていくのには感心しました。試しに行列クラスを作ろうとしたんですけど、割り算を定義するときに逆行列が必要だと即座に気づいたのでやめました。数学用のライブラリは何があるかなーとか、 numpy 使おうかなーとか考えだして発散しそうだったので。Python のカプセル化はきっちりしていない点、長所なのか短所なのかはまだ分かりません。クラス自体を外部から書き換えられる(追記出来る)のはメリットなのか。
 明日こそはデータ処理用のプログラム作り終えないと。
ひでひでた
日常生活   0 0

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