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ひでひでた
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殻にこもる生活
今日は雨降りでした。これkらでかい台風がやってくる。
 昼過ぎから始まったゼミは午後7時くらいに終わりました。計算がどうのこうのというよりも、結局それをすることによって何が分かるのか、何が嬉しいのかを気にしつつ参加しています(ロジックは確実に追う)。この間までは2ヶ月間連続で発表担当だったのですが、それもようやく終わったので割と気楽な身分でいられます。
 PDB に登録されている NMR による構造解析のデータを読み取って、複数あるモデル間の RMSd を計算するプログラムを Python で書きました。これが初めての自作スクリプトです。Python でファイル処理するのは本当に楽。動的に型付けしているのが致命的に効いていると思います(とはいえクラスが持ってるデータが常に公開状態なのは不安。name mangling は面倒でここぞという使いどころがよく分からない)。今のところデータの出力形式に不満があるので、適当なモジュールを試しているところです。CSV モジュールをもっと知る必要がありそう。
 で、今後 Python だけで戦っていける気はしないので C++ も勉強しているのですが、もうコンパイルが面倒で面倒で嫌になります。ここ最近は iPython+vi で Pyhton シェルにひきこもる生活を送っているのが明らかな原因(笑)
 ここまでを振り返ってみると、まず C をやってプログラムの基本的なとこを知った後に Python に触れ、スクリプト言語の使いやすさと OOP を学びました。このタイミングで C++ をやるのは結構リーズナブルなんじゃないでしょうか。データの秘匿とかをちゃんとやってみたいし。C++ で書いたコードは Python で使えるので絶対無駄にはならないし。
 まあ先人たちが残したライブラリがあるだろ、という話もあるけど、やっぱ自分で作ってみないと面白くないよね。
ひでひでた
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体調不良……
一日中寝ていたせいでこんな時間になっても寝れず。仕方なくブログの更新画面に向かっている。
 先週のあるタイミングで喉が痛みだし、次第に鼻の調子が悪くなってティッシュを使っているうちにフラフラし出して、結局金曜から月曜まで休みを取ることにしてしまった。まあ本来3連休だからオフィシャルには問題ないんだけど、研究ってそういうもんじゃないし、最近は進度がぐっと落ちていたこともあって精神的には全く休まらずにいる。クーラーにやられたんでしょうね。
 こちら京都は祇園祭の最中なので少しは見に行こうかとも思っていたんだけどね、そうもいかなくなってしまった。あー、自分、何してんだろ、って思いつつ過ごしています。

 そろそろこのブログも引っ越そうかなぁ、なんて考えてます。段落の見出しを分かりやすくしたり、ひょっとしたらコードを載せたり、そういうのは FC2 ではやりにくい。はてなダイアリーは向いていそうだったので、近々移転するかもしれません。
 いろいろよくわからない。
ひでひでた
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クラス
ただいま帰宅しました。今日は遅くなってしまったなぁ。本当はもっと仕事を進めてプログラムを完成させたかったところでしたが、ここ数日風邪っぽくて咳が出たりするので諦めました。ちょっと出勤するのが遅すぎた。ちなみに今の BGM は Alicia Keys です。最近プッシュされてのんかな。
 今日は副指導教官である M 先生と軽く面談。彼は率直に思ったことを投げてくる人でした。どれも素直で、かつ重要なコメントや質問ばかりだったので好感持てました。数年後には彼らの前で Ph.D ディフェンスしなきゃいけないことを考えるとちょっと気が重いけどね……。今後も都合が合えば相談に乗ってくださるようです。
 Python のクラスについて勉強し始めました。あれはめっちゃ面白い。動的型付けやディクショナリという基本的な仕組みが自然とクラスの継承や演算子のオーバーロードにつながっていくのには感心しました。試しに行列クラスを作ろうとしたんですけど、割り算を定義するときに逆行列が必要だと即座に気づいたのでやめました。数学用のライブラリは何があるかなーとか、 numpy 使おうかなーとか考えだして発散しそうだったので。Python のカプセル化はきっちりしていない点、長所なのか短所なのかはまだ分かりません。クラス自体を外部から書き換えられる(追記出来る)のはメリットなのか。
 明日こそはデータ処理用のプログラム作り終えないと。
ひでひでた
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ラジオな夜
最近ラジオ聞くようになりました。昼前から夜まで研究室にいて、うちに帰ってきたらぐたーっとしつつ mac 用の radiko で色々と聞きます。傍らには twitter クライアント。ついさっきまで流れていたのは Alicia Keys とかいう人の歌で、なんか僕にとっては懐かしい感じで良かったな。
 研究はぼちぼちです。今日は基本授業と自主ゼミでつぶれましたけど、90時間ほどマシンを走らせて出てきたデータを空き時間に眺めて、次どうしようかとよっしーと議論したり。今は40時間分の計算をがんばってもらっているところです。
 Python は相変わらず勉強を続けていて、この間の記事に書いた『初めての Python』に取りかかっています。ひとまず200ページ程度をこなしたのはいいものの、だいたい知っている内容の中に埋もれる形で面白いことが書いてあったりするのでどうも捗ったとは言えないのが現状です。ぶっちゃけ前の本は読まなくてもよかった気がしますね。早くクラスの章を読みたい。self とかを理解したいな。
 Python では画像解析がかなり出来るそうなので、その関係の勉強もしています。うちの研究室では実験により得た画像データも扱うことがあるため、その解析のために何かプログラムを作ってみたらおもしろいかもしれないという流れです。これは何とかなりそうな予感がしてます。軽量言語らしからぬ汎用性が Python の強みですね。
ひでひでた
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PyDev 導入
寝る前に今日のまとめ的なことを少し。
 もうちょっとで『みんなのPython』を読み終えられそうです。OOP の説明に入ってからどうも分からないなと思っていたのですが、結局 Python では型とアトリビュートを持っているものが全てオブジェクトであると書かれているのを見て割とすっと入ってきた気がしました。C のセンスで言うと全然違うものを同じように扱うことが出来るのね。それで文法がシンプルになってるけれど、ライブラリが充実している上に色々な実装があるから幅広く使えると。十徳ナイフみたいなもんですかね。
 勉強するときに相変わらず便利な iPython はコードを真面目に書こうと思ったら不便ですね。そんな訳でしばらく前に導入した Eclipse の Indigo さんに PyDev を入れました。もうこれがめっちゃ便利で、プログラムが大きくなればなるほど手放せなくなるんだろうなと思わざるを得ない機能性でした。ただ pylab がうまく import されないようなので何とかしないと。PYTHONPATH をちゃんと設定しないといかんのかな。解決したらまた書きます。それでは good night.
ひでひでた
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