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ひでひでた
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おひさ
久しぶりのブログ更新。僕はそれなりに元気にやっています。
 何ヶ月ぶりかは忘れてしまったくらいだけど、今日は書ける気がしたのでエディタに向かっています。使うのはもちろん OmmWriter で。ここ数日の京都は日中の最高気温が連日30度を超えていますが、モニタに今映っているのは一面の雪原とまばらに生えた枯木です。弱冷房を入れているのでそれほど違和感は無い(笑)
 さて、前回の記事から相当な時間が経っていることと対応して書きたい内容も増えたのですが、今日の朝9時からラボのミーティングがある都合上のんびりとタイプし続ける訳にもいかないので、いくつか項目を選んでみます。

■上洛して3ヶ月
 3月に東京を離れて以来、丸3ヶ月以上が経ちました。早いものです。3月下旬の自室は床が極端に冷えており鉄筋コンクリートの存在を感じずにはいられませんでしたが、今やクーラー無しでは寝られなくなってしまっています。
 元々は実験をするつもりでこちらに来たのですが、紆余曲折を経て、基本的にはシミュレーションを専門に研究することに決めました。シミュレーションといっても色々あるでしょうけど、僕がいまやっているのは生体分子シミュレーションです。つまり、タンパク質や核酸の挙動を全原子の運動を計算することによって解析するということです。
今のところは直接の指導教官である准教授のよっしーが研究しているタンパク質の構造変化などをテーマに計算機に向かっています。「基本的には」と断ったのは、もし何か簡単な実験に関わることが出来るならやりたいといまだに思っているということと、今後自分で行うであろう理論的な予測を自分自身で実験的に検証出来れば素晴らしいと妄想しているからです。まあ、どうなるこっちゃ。
 シミュレーションは楽しいです。これまで学んできた統計物理により良くアクセス出来ることと、実際上生物学に理論的にアプローチする有効な手段になっていることがよく分かるからです。また、プログラム自体の勉強も楽しい。いまは C++ と Python を習得しようとしているところ。言語仕様を学ぶこと自体も楽しいですけど、早く何か作りたいと気が急いてしまうことも多いです。
 東京時代は学問的な面で何の成果も出さずに終わってしまいましたが、あの2年間で学んだ(非平衡)統計力学の諸々の知識はいよいよ役立ってきていますし、そもそも、自分が最も関心を持って付き合っていけるものが何か判断することが出来たのが最大の収穫だったと最近では思えるようになりました。そして何より、学問に向かうときの一番底にある姿勢のようなもの(ちょっと言葉にするのが難しい)を研究室の空気から学べたのが幸せなことでした。研究者としての基本スタンスは東京時代に植えられたと言っていいと思います(特に、ラボの後輩を見ているとそう感じる)。

■コラボ
 研究は基本的にはひとりで進めます。マシンに軌道の計算をさせたり、出てきたデータを可視化してみたり、実験データや(生物学者のいう意味での)モデルを眺めて理論的な裏付けが出来ないかと考えたり。これは誰でも同じだと思いますが、僕の場合は上司が実験家だという意味でちょっと特別な状況に置かれています。日常的にコラボレーションしてる。
 彼としては実験的に手が届かない部分の情報が欲しい。そこは僕がシミュレーションします。ただ、シミュレーションすることはするが、実際の攻めどころは折に触れて議論します。「こんな量を見たい」と言われれば「こういうシミュレーションをしてあの理論を使ったらよさそう」とか答えたりしながら進んでいくのが普段の様子です。
今のところは僕の知ってる道具で何とか解析出来る範囲かなぁ。全然足りてないなとは常々。もちろん理論的な点は自分一人では不安なのでMD専門の先生とたまにディスカッションさせていただいています。彼は彼でまた実験を良く分かっているのが素晴らしい。
 要するに、必要な情報を様々な手段で得つつ個人プレーによって研究を進めるというのが基本スタンスです。

■この業界で生きていく、ということ
 それにしても、実際に生物学者たちの前で毎月最低1回はトークをするようになると彼らとの違いってのがはっきりしてきて面白くもあり大変でもあります。しかも毎度毎度英語だからしんどい。
 あまり抽象的なものはいかんのですね。数字やら理論やらから結局どのようなものが「見える」ようになるのか、そこが一番大事みたい。生物物理のように学際的な領域に身を置いて生きていくためには、お互いがどのような理解の仕方をするのか分かっておく必要があるようです。ここら辺を日々体感出来るのは結構貴重なことかな。

■まとめ
 何にせよ、新しいラボでの生活はそれなりに順調です。ここ1週間ほどは使っているシミュレーションソフトのソースを読むだけで一向に研究が進まずフラストレーションが溜まっているんですが、よっしーと議論して自分のアイディアを認めてもらえたり、友達と晩飯食べたり出来るのが楽しいので何とかやっていけています。
 今月中にある程度のまとまった成果を出したいです。
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