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ひでひでた
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生命科学の世界へ
どうもお久しぶりです。
 ちょうど2ヶ月ぶりくらいの更新です。友達がちょっとずつブログ更新しているのを見て僕も何か書いてみようかと久々に思い立ちました。実は個人的な日記は折に触れて書いているんですが、まあブログとなると人々の目を多少は気にするから文面にも少しは気を使うし、いざ書き出してみても大して面白くないなと思って記事を消すことも数度あり、結局こんなに間が空くことになってしまいました。
 さて、何から書くか。まずはこれを書いている状況から説明でもしましょうか。今は愛用の Mac を膝に乗せて、WiMax でネット接続しながらキーボードを叩いています。そして使っているエディタは FC2 の標準的なものではなく、OmmWriter という Mac 用のアプリケーションです。
 詳しくは HP をご覧になればわかると思いますが、非常に精神が落ち着いた状態で集中して文面に向かえるように工夫されています。OmmWriter は常に全画面表示され、デフォルトの設定では文章の背景に枯木が数本立った雪原が現れます。キーをタイプすると雨だれのような音が鳴る。まあ桜の季節に何事かと思う方もいらっしゃるかとは思いますが、それでも夜の12時を過ぎた頃に1日をまとめるにはなかなか良い環境です。最近はこのエディタのおかげでついつい長い日記を書いてしまったり。
 WiMax のおかげでネットをする分にはケーブルから解放されているのも良い方向に効いている気はします(光よりは当然遅いので、動画とかを利用する人には向いてないかな。ひょっとしたら首都圏とか大阪のど真ん中にいる人はストレスを感じないかもしれません)。
 長くなりましたが、そんな感じの環境で楽しみつつこれを書いています。この間の記事では京大の博士課程編入試験(鬼畜仕様)を受けたところまで報告してありましたが、これには合格しましたのでご心配なく。東京から京都に引っ越してきた訳ですが、例の痛ましい巨大地震の影響を被ることなく移動できました。移動日が3月11日だったので、これは大変幸運なことでした。
 僕は今月より大学院生命科学研究科の所属になっています。基本的に生命現象に関する実験研究を行う部署であり、大学院として他の研究科から独立してもいます。その分構成員のバックグランドは多様であり、また、国際的な競争力を高めることを重要視しているせいか、外国出身のメンバーもかなり多く所属しています(うちの研究室ではフランス、クウェート、イスラエル、フィリピン、韓国など)。いろんなやつがいて面白いです。前の研究室もなかなか個性的なメンツが集まっていたけれど、今度もやはりキャラが濃い。まあ、こうじゃないとね。
 それで、僕自身のバックグランドはこれまでさんざん書いてきたように物理学なので、先生とかと相談した結果 MD シミュレーションをひとまずやることにしました。現在研究中のあるタンパク質の挙動を実際の細胞内環境を再現するような条件下で調べ、仮説のサポートをするのが仕事です。他研究室で MD をやっていらっしゃる先生に適宜アドバイスをもらいながら研究を進めることになりました。ここ1週間くらいはコンピュータの発注とかをしているところで、今日のやりとりでようやく一段落。今月の終わりにはマシンが届くそうです。
 実験するつもりで来たのにシミュレーションをやるとは何事であるか、というツッコミは当然だと思いますが、これについては相談中です。今後のシミュレーションの感触によって判断することになるかと。一旦シミュレーションを始めると計算結果が出るまで数日とか必要とするだろうとは思うので、その間は1分子測定とか出来たらいいなと若干妄想しております。出来たらいいな、というか、出来るようにするにはどうするかという感じで考えていきたいです。
 実は3月末に、ドイツに向かわれる直前の先輩に実験を教えてもらっていました。サンプルは用意してもらっていたので言ってみれば体験授業的なものでしたが、それでも、蛍光顕微鏡を通して細胞核に蛍光分子が吸い込まれていく様子を実際にこの目で見れたのは素晴らしい経験でした。あれには本当に感動しました。"Seeing is believing" という言葉を思い出さずにはいられないほど。これまでは論文でしか見たことのなかったあの画は、実はこんなに生命を感じさせるものなんだと思いました。
 ……とはいえ、やはり生命は物質から出来ているというのも間違いない訳で、MD によって(どう考えても物質でしかない)タンパク質の詳細な動きを見つつ、実験では生命現象を感じられる何かを観測したいと考えているというわけです。
 どこまで出来るかは今後の努力次第!
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