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ひでひでた
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学会・大阪
物理学会の会場となったのは中百舌鳥にある大阪府立大学です。
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正門を入るとすぐに見えるのが上の写真にある建物。他のいくつかの建物にも赤いラインの入ったものがありました。新鮮なデザインだったので中身もさぞきれいだろうと期待したのが大間違いでしたが…。詳細は省略。
 初日に参加したシンポジウムはタンパク質のゆらぎと機能との関連を調べている人達の集まりで、つまるところ、ある研究プロジェクトの発表会みたいなものです。そこでまず驚いたのが参加者の白髪率。僕は割と早く会場に入ったのですが、その段階ではおよそ5割は白髪だったのではなかろうかと思えるくらいでした。講演者の中には(たしか)東大を退官された先生もいたくらいなので、事実シニアな集団でした。生物物理学会では(整備されたキャンパスとともに)非常に若々しい印象を受けていたこともあり、物理学会は開始早々停滞感を覚えてしまったのでした。
 体育館で行われたポスターセッション、僕の出番は2日目の午後でした。体育館に入ったのなんて何年ぶりだろうか。…知人の話によれば今回のポスターセッションは例年になく盛況だったとのこと。もちろんポスターを貼る壁に囲まれた通路が出来る訳ですが、確かに人で溢れていて通りづらい感じはありました。僕のところにも常に人がおり、ずっと話しっぱなしでした。特に茨城大で非平衡の理論をやっている方、理研で生体分子の実験研究を行っている方からは有益な示唆が得られたので感謝しております。
 今回は二つの学会に参加して、雰囲気とかモチベーションの違いを知る事が出来ました。やはり自分がやりたいのは生物物理なんだな、とは思うのですが、何か歯切れの悪い感覚も残っています。理論をやる、実験をやると分割してしまうことに対する違和感なのかなぁ。まだよくわかりません。まあ何にせよ、学会は自分を相対化するのに良い機会であることは確かなようです。
 今後は11月末にある定量生物の会を目標に研究を進めます。
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ひでひでた
研究   3 0

学会・仙台
お久しぶりです。東京は雨、一時期に比べるとだいぶ寒くなってきました。以前の日記にある通り生物物理学会と物理学会に参加しました。詳細はまとめてあるのですが、ここにはいくつか印象的だったことだけ書いておきます。
 まず仙台の東北大学川内キャンパスで行われた生物物理学会に関して。写真は学会当日朝の様子を収めたものです。
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いかにもその道の人々が集まったという雰囲気ですね(笑)スーツ姿の人もちらほら見られますが、研究者や学生に限ればほとんどが私服でしたので、実験機器の販促に来ている人たちなんでしょう。もしくはスタッフ。
 学会初参加の上に予稿集を持っていなかったので初日はどう行動するべきか分かりませんでした。実は今回の生物物理学会は講演も予稿もポスターも全て英語だったのでざっと様子を見ようにも内容が分からないし、無駄に気合いが入っていた反動で途方に暮れたりもしました。最終的に落ち着いたのは若手研究者の講演会場だったのですが、実はそこで一つの出会いがありました。
 僕の専門は生体分子の非平衡理論であり、これについて理論・実験の両面から研究されている方がたまたま講演されていたんです。一つ腑に落ちない点があったので質問をしてみたりもしましたが、結局僕の勘違いというか、彼女たちの主張からすると本質を外した点に過ぎない事が後で分かりました。講演後に10分ほどお話した中で印象的だったのは「生物物理関連の理論をやるなら、実験的に何がsuggestできるか常に意識しておくべき」だとおっしゃっていたこと。僕も常々そう思っていたので少し励まされました。来月(といってもあと数時間ですが…)には明大で講演されるそうなので聞きにいってみるつもりです。
 二日目の午前に行われたシンポジウムは非常に刺激的でした。1分子実験とシステムバイオロジーの橋渡しを理論・実験ともに協力して行うためにはどうしたらよいか考えるのが目的の集まりで、実際、1分子実験・細胞レベルでのタンパク発現の可視化・統計理論などの専門家が講演をしていました。あれはオーガナイザーが素晴らしかったと思います。発表者もいろいろなところから来てましたね。NIHとか、ハーヴァードとか。生物物理業界の学際性をひしひしと感じました。
 あの業界はたった一人の天才がいるだけでは進歩しないのだと思います。むしろいろいろなバックグラウンドを持つ人達が互いの強みを活かし合ってプロジェクトを完成させるような、そういう感じ。では自分の強みとは何か、今後どのような研究者として生きていきたいのか考えさせられる機会になりました。
 物理学会については次のエントリーで。
ひでひでた
研究   0 0

仙台なう
先ほど仙台駅前のホテルに着きました。無線LANを利用して記事を書いています。実は1時間ほど前にも来たのですが、まだチェックイン前だったので荷物を預かってもらうだけで追い払われてしまいました。意外と融通がきかない。
 そんな訳で学会会場となる東北大学川内キャンパスの下見を実行。ホテルから駅前に行き、9番乗り場から市バスに乗って25分ほどで到着しました。仙台市内の様子は記憶にあった7年前のものとほとんど変わらなかった気がします。街のメインとなるであろう通りの中央には背の高い木々が青々と茂っており、木漏れ日が道路に揺れている穏やかなイメージ。高2の夏、オープンキャンパスに参加するために市内をタクシーで移動したのでした(3人で1台だから安い)。まあ今日は曇り空だったし、タクシーとバスでは視点の高さが違うので当時とは微妙な差を感じたのも確かです。今日の雰囲気でいくとむしろ軽く雪化粧している方が素敵だったかもしれない。通りに並ぶお店から溢れるオレンジ色の光を見てそんな事を思いました。
 さて、肝心の川内キャンパスは見た感じ教養過程の学生のためのもので、講義棟を中心としてメディア棟やら高等教育ナントカやらが並んでいました。サークル棟の部屋もあってデスメタルらしきものが聞こえてきたときは思わず立ち止まってしまった(笑)川内キャンパスは山の下の方にあり、理学部とかはさらにその上の方に位置しています。まだ時間があったので行ってみようかとも思いましたがバスが予想外になかったので諦めました。あの環境では確かに原付とかが欲しくなると思う。そのバス停で撮ったのが下の写真です。
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人通りの少ないところにただ一つだけ置かれているイスが醸し出すシュールな空気。……何にせよ東北大学は緑に囲まれた落ち着いた環境で学問に打ち込む事の出来るすばらしいところだと思いました。やっぱ東京は乾いてると感じる。
 電車の中で本を読んでいてちょっとナイーブなアイディアが浮かんできたので、研究になるかどうかもっと考えてみます。来年から実行可能かどうかも含めて。
ひでひでた
日常生活   2 0

学会参加/今後の予定
最近は完全に昼夜逆転した生活を送っていました。日が出て街が動き出す頃に床について、起きるのが夕方(そもそも寝過ぎなんです)。それで適当にご飯を食べたりしてから研究をすると、そのうち鳥が鳴き始めます。深夜は僕の時間で、夜食を買いに外に出ればいくらでも鼻歌を歌う事が出来ました。今日は午前起きなのでさすがに体が慣れておらず眠いです。
 昨日は午後イチで学会発表の練習があり、研究室のメンバーを相手にポスターを使って研究の説明をしました。 実は前日の昼にそれまで正しいと思っていた結論がデータの解釈が原因で間違っていた事に気付いてしまったので、一時はどうしようか本当に焦ったものの何とか正しいと思われる結論を再び出して一晩でポスターを作りました。かなり危なかったです。一応今度の結論は間違ってないはずです。要するに典型的な時間スケールを何だと思うかによって理論の前提を正当化できるか否かが決まるのですが、このタイムスケールについて誤解があったんです。
 ポスター自体はそこそこ見やすく出来たし、内容も論理的には齟齬が無く、結論もはっきりしているので当日は落ち着いて説明できる気がします。人が来てくれればいいんですけどね。24日午後、領域11での発表です。もし人が来なければ他のを見に行こうかな。まあ何にせよ折角大阪まで行くので有意義な時間の使い方をしたいものです。

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ひでひでた
研究   4 0

伝統芸能
道具の扱いに習熟している事は自由であるための重要な条件だな、と思う。
 物理をやるときの数学然り、新しく実験をするときの既知の実験への理解の深さ然り、外人と話すときの外国語の堪能さ然り。ランダウが言っているのはそういうことじゃないのかな。
 僕が普段からお世話になっている細胞生物学者は、「実験てのは伝統芸能ですから」とよく言う。強いこだわりを持っているようにすら見える。「あるべき器具があるべきところにあれば自然と体が動く。もし何かズレがあれば自然と間違いに気付くし、実験の再現性も高くなる」。確かにそうなのかもしれない。
 彼自身がどう考えているかはともかく、僕はこの言葉を初めに述べた意味で解釈したい。伝統とはつまり、代々行われてきた実験に共通している精神・身のこなしの中にあって変わらず普遍的であり続けるもののことだ。それを習得して初めて自由に創造できる。だからこそ伝統を引き継いでいくことが重要だ、ということではなかろうか(だとすれば、この意味でゆとり教育は過ちを犯している)。
 今日の今日まで、伝統なんてのは正直古くさくて固定されたもので創造性とは対極にある嫌なものだという印象しかなかった。けれど、延々とコードに向かっているうちに、いつの間にか腑に落ちてしまった気がする。彼の言葉をようやく自分なりに消化できたというか。
 とはいえこんな事今更理解したのかという感もある。学部の勉強を真摯に行ってくればもっと早く気付けたんじゃないのか?……まだまだ全くの未熟者だと反省した。

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ひでひでた
人生   9 0

確率論と数値実験
自分が今行っている数値解析は、数学的にキチンと考えようとすれば平均自乗収束とかを確かめるべきであると気付いた。
 というか、何らかの意味で確率変数列が一定値に収束するという現象を目の当たりにして感動したという方が正確です。それも自分の研究の中で。しばらく前に伊藤積分の勉強をしたときには平均自乗収束なんてスルーしていましたが、実際に出力されてくるデータを見ると数学的な議論にも具体性が出てきて面白いです。確率論と数値実験は相性がものすごく良い。
 大学院に入って以来統計が好きになった身としては、具体的に確率的な挙動を観察する事の出来る数値解析の技法をある程度身につけられたのは幸せな事だと思います。このようにデータの背後に潜む統計的な性質を理解しようとするのは生物実験でも同じでしょうし、今は理論をやりつつも今後は実験家と一緒に研究をしていく下地が少しずつ出来てきているのを感じます。
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確率・確率過程・統計   0 0

衣替え
そろそろ涼しくなってきたのでブログのデザインを変えました。落ち着いた感じに…。
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自己紹介   0 0

Grapher
Mac OS X標準装備の Grapher とかいうソフトはすごい!!!どこまで出来るのかまだ分からんけど、mathematica 並みに便利かも…。グラフは jpeg と eps で出力できるから TeX で使うときも便利。

p.s.
いくつも登録されている例を眺めていたらローレンツアトラクターを発見。黒い背景に青い曲線が描かれ、3次元的に回転する。思わず笑ってしまった。このソフトはやばすぎる。
ひでひでた
研究   0 0

リリリ
台風の影響で滝のような雨が降ったあの日以来、風が一気に涼しくなりました。とても過ごしやすい日々が続いています。だいぶ久しぶりの日記です。
 前回の記事を書いた頃に比べると研究の面でいくらか進展がありました。まずは24日に日本物理学会で行うポスター発表の目処が一応ついたこと。研究対象の説明、先行研究の紹介(モデルの説明含む)、今回の研究で発見した事、今後の展望を書くと大体ポスター1枚くらいにはなりそうな気がします。ただし致命的ではあるが依然として小さな発見をしただけなので迫力が足りないことも自覚しています。17日には研究室で発表練習があるので、それまでに残された1週間ほどの時間を大切に使いクオリティを高めたいです。仙台で行われる生物物理学会参加のため19日には移動する関係上、17日が今回のデッドラインです。
 もう一つの進展は先月末に京大に行って2度目の研究室訪問をしたことです。7月末に行った研究室とは別のところで、シグナル伝達、特に膜付近での情報処理を1分子計測を行う事で調べています(ここまで言ってしまえば業界の人なら大体どの研究室か特定できるでしょう)。元々 single molecule の実験に好感を持っていた事とシグナル伝達に関心を持っていた事もあり、非常に楽しく話せました。とてもお忙しいであろう教授が直接相談に乗ってくれたのは嬉しかったです。彼自身は生物屋ですが物理学的なアプローチにも関心がおありだそうで、実際、理論物理が専門のスーパーポスドクを一人抱えていらっしゃいました。トルコ人の彼は目がキラキラしまくっていて、僕のような薄汚れた魂を持つ人間にはまぶし過ぎました。感覚にマッチした理解を得るには粗視化のレベルを適切に選ぶ事が重要だよね、というコンセンサス。
 最近はモデルを数値的にひたすら解析しています。愛用の MacBook に外付けのディスプレイを付けたので作業はしやすくなりました。ノートの画面には今後チェックするべき項目とか勉強したい事のメモを貼っておいて、外付けの方をメインに作業しています。手元にはスペースがあるので解析計算を紙で行ったり。
 主たる道具はマスター方程式なんですけど、あれは結局のところ確率分布の時間発展を記述する線形常微分方程式系以外の何者でもないんですよね。だからモデル(すなわち遷移確率の組)が確定してしまえば数値的に解くこと自体は簡単です。問題はそこから物理的、生物学的に何を見いだすかで、それに関しては実験、理論の両面から様々な関連を考える必要があります。上に書いた発見というのはこれに関するもので、今後もっと進める事が出来れば非平衡統計力学の研究としてそこそこ面白い事が言えるかもしれません。今回はその第一歩という位置づけです。こうやって自分の手で何かを生み出していくのはとても楽しいです。
 研究が進むにつれて勉強したい事もいろいろ見えてきました。特に物理的な側面が強い事項については東京にいる間に出来るだけ深く広く理解していきたいです。
ひでひでた
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