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ひでひでた
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Perl
特に目的意識もなくPerlを勉強し始めました。使ってる本はコレ↓
新版Perl言語プログラミングレッスン入門編新版Perl言語プログラミングレッスン入門編
(2006/10/21)
結城浩

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使ってる、と言っても、さっき買ってきたばかりです。ほんと衝動的な始め方で。
 初めてプログラミングする人に向けて書かれているような感じの本です。実際、C言語を軽く使える程度に学んだ状態でこの本を読んでみると対して悩まずにPerlに慣れる事が出来ます。何かバイオインフォマティクスの人達はPerlを使うとか聞いた事があるんだけど、実際どうなんだろう。確かに文字配列の変換とか抜き出しが出来るから相性が良いような気はする。

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ひでひでた
シミュレーションなど   0 0

サマースクール まとめ2
さて、天然変性タンパク質を研究する上で物理学の出番があるかと言えば、その答えはたぶんイエスです。特にタンパク質のfold-unfold転移については熱力学的な研究がすでに相当さかんに行われていますので、少なくともその延長で何か研究する事は出来ると思います。また、天然変性タンパク質は真核生物に多く、特に核内に豊富に存在する事が知られていますが、核内はかなり高密度なのでcrowding effectが効いている可能性があります。ここまでの話は平衡熱力学の範疇に収まるので果たして非平衡統計がどこまで本質的に絡んでくるのかはわかりません。いずれにしても、今のところ何か具体的な問題として浮かんでくるものは僕の中にはありません。非平衡統計のジェネラルなところだけではなくて、例えばソフトマターを勉強してみるとか、他の関連領域について知る事が必要な気がしました。
 ここまで書いてきた事はかなり構造生物学的な側面が強いです。つまり生命系で重要な役割を果たすタンパク質の構造を理解する事でそれらが果たす機能に関して知見を与えるということで、わりと一分子研究的な雰囲気があるので物理学とも相性がいいのだろうとは思うのですが、では天然変性タンパク質が本質的な役割を果たす現象は何か、という話は今回のスクールでは無かったのが残念でした。確かにアルツハイマー病とか(確か)ナルコレプシーみたいな病気に関与しているという事はちょこっとだけ触れられた気もしますが、本論ではなかったので詳しい事はよくわかりません。シグナル伝達系ではハブ機能を持っている、と言われても具体的ではないし…。
 その意味では10月の頭に横浜で行われる構造エピゲノム研究会の存在を知れたのは良かったです。天然変性タンパク質とどの程度関係のある話が聞けるかは分かりませんが、可能なら参加してみたいです。まあ、あえて天然変性タンパク質の研究を来年からする必要があるのかどうかよく考える必要があるとは思います。
 ひとまず今回のサマースクールでは天然変性タンパク質研究の一側面が概論的に理解できたのが収穫でした。予想通り友達は増えなかったのですが、まあそれは交流する機会がそもそも少なかったのでしょうがないです。いくつか勉強するべき課題も見つかりましたし、残りの半年を来年への架け橋となるように過ごす為のヒントが得られました。参加した価値はありました。
ひでひでた
生物・生物物理学   0 0

サマースクール まとめ1
気温はまだまだ高い日が続いていますが、秋への移行は徐々に進んでいるようです。うちのまわりで盛んに鳴いていたセミは夜になれば静かになり、その代わりにリーンリーンと風流な音が聞こえてくるようになりました。
 17日から18日まで愛知県岡崎市で行われたサマースクールに参加してきました。岡崎市は夜になれば街灯の明かりだけが頼りになるような町で、僕の出身地(田舎)を思い出させるような良いところでした。今回のサマースクールは岡崎統合バイオセンターという国立の研究機関で行われたのですが、研究所は閑静な住宅街に囲まれた高台にあるので確かに研究は捗るかもしれないと思いました。
 今回のテーマは天然変性タンパク質という不思議なタンパク質で、ここ10年ほどで重要な研究対象として認識されるようになってきたものです。タンパク質は特定の立体構造をとることで特定の機能を果たすと考えられてきましたが、この天然変性タンパク質はその名の通り、単独で遊離している状態ではきっちりとした立体構造をとらない部位を含むという顕著な性質を持ちます。そのような部位は熱揺らぎの影響で大きくふらつくためタンパク質の構造を知るための常套手段であった結晶解析を行っても情報は得られず、その業界の人々にはやっかいな存在として知られていたようです。
 1日5時間の講義がありましたが、そのうちのいくつかは天然変性タンパク質の構造に関するものでした。結晶解析との相性が悪いのでNMRが大活躍します。原理的なことはまだ理解していないのですが、NMRを用いるとアミノ酸間の平均的な距離情報が得られるそうです。これは対象が変性領域であっても有効なので天然変性タンパク質の構造を知る上では強力な方法を与えるといえます。ただしアミノ酸の数でいうとせいぜい300程度までの領域くらいしか解析できないらしいので、超分子みたいなでかいやつの構造を明らかにする為にはやはり結晶解析を用いなくてはなりません。NMRに関しては他にもいろいろと話を聞きましたが、総じていえるのは勉強不足だという事です。原理を理解していない、データが読めない、など。これは今後の課題の一つです。
 バイオインフォマティクスの話もありました。スクールに行く前にレビュー論文を2本読んでいったので概要は知っていたのですが、やはりあの研究分野には参入できないと感じました。コンピュータを駆使した分野の一線で活躍している人々がいかにコンピュータに強いかは日々感じているところなので、それを元に考えるといまさら自分には勝ち目が無いと思うし、やはり生ものを見ている訳ではないので今の僕が求めているのとは違う事をやっているように見えます。とはいえ、巨大なデータベースにアクセスして情報を得る程度のことであれば問題なくできると思うし(たぶんそのくらいはウェットの人でも出来る方がいい)、今後もドライな手法を用いている人々の話は積極的に聞くようにしていきたいです。プログラミング自体は楽しい事だしね。
 長くなりそうなので、次のエントリーに続きを書きます。
ひでひでた
生物・生物物理学   0 0

サマースクール参加
お久しぶりです。最近はtwitterとかをよく使っているのでこっちの方は放置してました。まとめて書くような事もなかったので。
 金曜日は先生とディスカッション。ここ数日でそれなりにまとまったデータが出たのでそれを元に議論しました。これまで使われてきたモデルがどの程度正確に現象を説明するか(あるいはしないか)、定量的にはっきりさせる事が出来ました。原因はある程度推測できています。モデルがパラメータ込みで決定できて初めて背後にある物理を説得的に議論できると思うので、ここら辺が正念場です。
 月曜日からは愛知で行われるサマースクールに参加してきます。18日まで。いわゆる夏の学校とは違うイベントです。あれは院生とかポスドクみたいに若手の研究者が交流を深める(要するに飲み会をやる)のが目的で院生が運営をしていますが、今回は自然科学研究機構の一部門が主催であり講義がメインです。天然変性タンパク質と細胞内ネットワークがテーマだそうですので非常に楽しみにしています。
 来年度以降は専門とともに研究室を変えるつもりでいるので、今回のサマースクールではいくつか具体的な問題を見つける事が課題かな。生物学の基礎的な知識も足りていないだろうし、実験手法に関することや業界の常識など、知らない事はいっぱいあるでしょう。そのうちどこら辺をまずは確実にしていくべきか早いうちにはっきりさせておくべきだ、という意味ではこのスクールは活用する価値のあるものです。志望している研究室と関連のありそうな事については想像力を豊かにして具体的に研究できそうなテーマまで発見できれば最高ですが、まあそれは難しいと思います。
 学会を一ヶ月後に控えているので余裕はありませんが、頭を切り替えて学ぶべき事は学んでくるつもりです。
ひでひでた
研究   0 0

英語のトレーニング
英語の勉強始めました。
 今までも何度か試みたんですが、まあ続かなかったんですね。でもこの間の研究室訪問でもっと外人と自然に喋れるようになりたいと思ったので再開する事にしました。今のところは資料を英語で書いたり研究室のセミナーを英語でやりとりすることはまあ出来なくはない程度で、CNNとかBBCのニュースを聞き取る事は難しいし、日常会話で気の利いた事を言うとかは出来ません。具体的な名詞に関してもかなり知識が乏しいので、例えば身の回りにあるものを英語で記述せよと言われると困ります。要するに物理の専門的な話はそれなりには出来るが日常的なことはかなり未熟、という理系大学院生にありがちなレベルです。TOEICとかTOEFLは受けた事ありません。院試の英語は確かTOEFLの集団受験バージョンだったはずですが、感触は最悪でした。
 で、今回は新しいスタート感を出す為にテキストを一冊買いました。店頭でいくつか眺めてみてよさそうだった
英単語・熟語ダイアローグ1800―対話文で覚える英単語・熟語ダイアローグ1800―対話文で覚える
(2005/09)
秋葉 利治森 秀夫

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を選びました。Amazonのレビューによればこの本は結構好評らしいですね。個人的には、外人が自然なスピードでしゃべることと色んな単語を覚えられそうだったことがポイントでした。Duoとかシステム英単語とかはほんと単語しか書いてなくて覚えられないのは高校時代からの癖で、当時は速読英単語がお気に入りでした。あれは対応CDもあるし。
 1回1分くらいの会話をとりあえず何度か聞いてシャドウイングしてみて、口が回らないところとかは分かってないところなのでテキストを見て、その後に単語のまとめをするという感じです。ざっと30分くらいかな。まあ疲れてない日は特に苦労する事なくできる範囲です。期待通りCDに入っている会話は適度なスピードなんですが、いかんせん教材として作られているので、例えばイタリア人と中国人の発音の違いとか地方なまりのような実際の会話で気になるところはフォロー出来ません。この点については昔買った
BBC WORLD 英語リスニング ニュースセレクション 2002-2003BBC WORLD 英語リスニング ニュースセレクション 2002-2003
(2005/01)
不明

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が良かったです。生のニュースを題材にしてるので現地人のインタビューがふんだんに扱われています。あれは中途半端にしたままで Dialogue 1800 を買うまで存在を忘れていたのがもったいなかった。
 さて、これから何日続くだろう。話が36あるので2ヶ月くらいで終われば良い方でしょうね。適当に英語で喋られても適当に返答できるくらいになれば文句無し。
ひでひでた
日常生活   0 0

研究室訪問 その1
お久しぶりです。もう8月になってしまいました。
 京大に研究室訪問に行ってきました。研究室自体は医学部も入っている西部キャンパス内にあるのですが、所属は生命科学研究科で医学部と直接の関係はありません。研究室の教授は学部の頃に知り合った先生で、まあなんというか、うちの先生とは対極にあるような人です(笑)二人を並べてみたら笑ってしまうくらい違うタイプでしょう。
 研究内容は幅広く一言では言えませんが、大雑把には細胞核、膜タンパク、そしてバイオインフォマティクスがテーマのようです。確かに細胞生物学的な研究をしている方もいらっしゃればコンピュータにかじりついてる人もいました。割と大所帯の研究室は静かで、それぞれが黙々と研究をする感じでした。うちの研究室は一旦議論が始まるとかなりにぎやかになるし、その議論の発生頻度も比較的高い気がするので、雰囲気の違いは結構あるように思います。空気は年々変わるので来年以降がどうなるのかは全然分かりません。僕自身はわいわいやりたいです。
 院生二人とポスドク、助教さんにお話を伺う事が出来ました。あらかじめ連絡が伝わっていた訳ではないそうなのでありがたい対応をしてくれました。D3の方は核の研究をされており、どのような仕組みで物質の選択的な輸送が行われるのか調べているそうです。PNASに受理された論文を元にしたスライドを見せてくれました。D2の方は最近プロテオミクスをやりだしたそうです。あれはすごそうですね。まずは網羅しましょう、という感じで。僕の話に関心を持ってくれたのが嬉しかったです。助教さんも核の研究者です。最近結婚されたとか。
 何よりも興味を引かれたのはポスドクの話でした。彼はイスラエル出身で、イギリスのUniversity College Londonに学んだそうです。専門は生物工学。どこまで書いていいのか分からないのですごくぼかしますが、とにかく物理学と生物学のインターフェースにいる人で非常に面白い研究をされています。細胞核は粘弾性を持ってるとか、情報伝達がどうだとか、僕が大学院に入って以来勉強してきたことがもろに関わっていたので思わず質問攻めにしてしまいました。実験のデータも見せてくれたけど、あれはほんとに面白いとしか言いようがなくて。性格はまだよくわかりませんが温和そうで、ゆっくり丁寧にしゃべってくれる良い人でした。あと1年ちょっとはいるらしいのでまた話したいです。
 彼もそうですが、あの研究室は意外に物理との接点がありそうです。一分子測定もかなり盛んなので非平衡統計との相性も良いのかもしれません。はっきりと確認した訳ではありませんが。せっかく学んできた事だし何か積極的なつながりを見いだしたいです。
 自分の関心は生物にあるのだと、今回の研究室訪問で明確に意識しました。これなら新しい環境に行ってもやり続ける事が出来ると思います。
 今月末に別の研究室を訪問してどちらがよいか結論します。実は今度行く方も一分子計測が盛んな上、前々から関心を持ってきたシグナル伝達がメインなので最終的にどうなるかはまだ分かりません。どちらにしても京都には帰る事になりそうです。今回は非常に良い刺激を受けることが出来ました。
ひでひでた
博士編入   0 0

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